Besonders in der warmen Jahreszeit kann es bei Flüssigfütterungssystemen, wie sie in der Schweinehaltung weit verbreitet sind, zu Hygieneproblemen kommen. Die Mikroorganismen im Flüssigfutter stammen großteils aus den Futterkomponenten (Soja, Maiskornsilage etc.). Diese finden besonders während der warmen Jahreszeit ideale Bedingungen im Flüssigfutter vor und können sich dadurch explosionsartig vermehren. Die Folgen sind verminderte Fresslust, gesunkene Tageszunahmen sowie vermehrte Ausfälle.

Daher muss die Hygiene in der Flüssigfütterungsanlage im Vergleich zu einer Trockenfütterung verstärkt beachtet werden. Der Einbau einer geeigneten Reinigungs- und Hygienetechnik wie zum Beispiel Säurenebler, UV-Licht oder Ozon fördert die Tankhygiene und beeinflusst wesentlich die hygienische Beschaffenheit des Flüssigfutters. Diese Technik reicht aber nicht immer aus, um Hygieneprobleme in Rohrleitungen zu verhindern.

Trotz technischer Einrichtungen im Anmischbehälter in Kombination mit einer Restlosfütterung, berichten Betriebe während der warmen Jahreszeit häufig von aus­einander gewachsenen Schweinen in einer Bucht, niedrigen Muskelfleischanteilen, verbunden mit einer schlechten Futteraufnahme. Bei solchen Anzeichen muss neben dem Fütterungsmanagement auch die Futterhygiene überprüft werden. Dazu eignet sich zum Beispiel der sogenannte "Kanistertest".

Dabei wird ein sauberer Kunststoffkanister zu etwa einem Drittel mit Futtersuppe befüllt und etwa zwei Stunden bei Zimmertemperatur stehen gelassen. Bläht sich der Behälter in dieser Zeit stark auf, ist dies ein Zeichen für eine sehr hohe Hefebelastung.

Der Test ersetzt aber nicht die Untersuchung in einem Futtermittellabor. Um die tatsächliche mikrobiologische Beschaffenheit des Flüssigfutters klären zu können, sollte eine Futtermitteluntersuchung durchgeführt werden.